游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
一天，狮声像往常一样，在海滩上释放了他的信息素，却没有意识到一个神秘的女人在黑暗中偷偷盯着他看。这个神秘的女人给狮子音下药，使她变成了一个女孩。世隐绝望地想知道，他必须吸收男人的精华才能恢复男子气概，但如果他在恢复男子气概后失去了一定的精华，他就会再次成为女孩。很快，伊一就知道了狮音的秘密。出乎意料的是，这个愤怒的男人竟然为他的朋友流口水，而他的朋友已经成为了他的女儿。
在这个世界上，有一些人可以长生不老。即使他们受了致命的重伤，他们也会在短时间内迅速康复，人们称他们为“亚人类”。长井惠（由宫野正雄配音）是一名普通的高中生。一天，一场车祸暴露了他的亚裔身份，他立即被政府相关部门高价通缉。
