东京在不久的将来。车厢被分开，火车运行，人们拥挤不堪，有一种随意的日常场景。小镇的天空中突然出现了一个黑点。该点增加了观看和吞噬城镇的规模。汽车、火车和人。。。东京被一个几十公里长的黑色圆顶所覆盖。停止扩张的黑点特写。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临—— 被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界， 却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——
寻访途中，拜一刀和儿子大五郎（富川晶宏 饰）走散。柳生家族弃将军兵卫（林与一 饰）一度被大五郎错认为父，大五郎锐利的目光引起军兵卫注意，一路跟踪。好战心切的军兵卫挑战拜一刀，却无奈落败。 拜一刀追踪小雪来至温泉，尾张刺客孤冢元记亦随后赶到，在拜一刀面前，昔日两个仇家剑拔弩张……
