在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
她的名字叫“小野天美”。她是天文馆的评论员，也是唯一一个在每年7日运行的受损机器人。就这样，30年来，这个女孩一直相信会有人参观天文馆，在这个没有其他人的世界上等待。然后，在她三十岁醒来的那天，一个男人出现在她面前。祝贺你恰好是250万客人！“守卫机器人突然出现的人，”废墟猎人。他以回收城市中的贵重材料为生，为了生存，他偷偷溜进了“封闭的城市”；，我被在城市里游荡的战斗机器袭击了，错误地进入了这个天文馆。“你想看天文馆吗？美丽而无尽的星光，永远不会消失……天空中的星星在等待着每一个人。”在战争的影响下，即使是星星也无法再看到垂死的世界。他在那里看到了什么。这个一年只能操作7天的机器人女孩在一次偶然的拜访那天醒来。奇迹就这样发生了
