在新的一年里，小新一家决定离开他们居住多年的地方，前往墨西哥。在新的国家里，小新一家遇到了许多新奇的人和事，还遭到了仙人掌怪物的袭击。小新不得不肩负起保护家人的重任。《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
