Ikashi Shinji，成为“第三次冲击”的罪魁祸首，变得像一个无用的人。。。真嗣还能振作起来吗？继2012年《福音勇士》新剧场版：Q之后，这部动画告诉了这个密封故事的续集。
这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
相反的关系是由综合实力远超德川大学的帝国大学医院部附属医院形成的。该医院的西崎启介教授（石川裕助饰演）和左博教授围绕日本普通外科学会会长的职位展开了激烈的竞争。为此，西崎派遣了他最喜欢的学生小泉隆史（小泉小太郎饰演）潜入敌方营地，试图用最新的医疗设备动摇萨博的地位。然而，左博手下也有一个人，让所有医生都头疼不已。这个人叫Seiji Ryo（由宫城宏饰演），他用高超的手术技巧拯救了濒临灭绝的生命。然而，他的毒舌和阴暗的性格使他成为一个可怕的恶魔医生。出于不可告人的动机，渡海卷入了左波和西崎之间的纠纷。。。这部电影改编自早田尊的同名原作。
