很久以前，在宇宙中被粉碎的恶魔碎片，如今仍然祸乱着整个宇宙。 一名不知其真面目的恶徒正借着这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。 赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼勇敢地站了出来，正面迎击敌人。
故事发生在明星学园的十年黑组之中，那是一个由十二名顶尖暗杀者所组成的神秘班级，这一次，致使她们齐聚一堂的，是一位名叫一之濑晴（金元寿子 配音）的平凡女生，她是这十二个冷酷杀手共同的目标。
鲁邦三世与次元大介为了得到秘宝“小小彗星”潜入东德洛阿。东德洛阿因为本国的著名歌手 玛尔塔在邻国西德洛阿被刺杀而与该国进入一触即发的紧张状态。鲁邦三世与次元大介成功得 到了“小小彗星”，但在逃走时，次元大介被狙击。 是谁狙击了次元大介？为了什么？看到穿过身体的子弹，次元注意到这与在西德洛阿被暗杀的 歌手的子弹是一样的。 次元大介与鲁邦一起来到墓地。两人惊讶地发现那里居然有“次元大介”的坟墓 ！ 从这个信息次元大介推测出犯人，那就是在暗杀前会提前为死者准备坟墓的奥崎，没人能从他 的暗杀下逃出。 鲁邦与次元两人潜入奥崎的秘密小屋，从一间房间的屏幕上看到了被囚禁的不二子！这时，奥 崎出现。 对决的时刻来到了。打破静寂的枪声！被打中的是——！ 再见了，次元……！
