然而,和平却没能一直持续下去,雫丘的上空突然出现了谜样的时空城,以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜(小宫有纱饰)。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗,但却遭遇了苦战。 战斗中,从别的宇宙赶来的青年春野武藏(杉浦太阳饰)和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽,赛罗给光、胜(宇治清高饰)进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼,和武藏一起突入进了时空城…
21世纪初,人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上,仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆,前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败,人类只得再度返回地球。