在一次交通事故中，小林哲平（由三岛敏雄配音）永远失去了父母。此时，他的祖父有马义信（音，本木夫配音）出现在哲平面前，希望哲平能成为他的继承人，继承庞大的有马集团。在这个世界中，除了人类和妖怪外，还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统，返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀，因此，一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。
