可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。 然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。 在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。 而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动…… 迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是——— 所有的答案，都在「Link Vrains」中
女大学生加穗子是一个"被保护过度的典型典范"。凡事都依靠父母解决，无忧无虑地长大，加穗子就像一个"在无菌环境下培养出来的神奇人类"。
晴朗的一天，悟饭和比迪丽正在教室上课，这是接到一条求助信息。原来有个老头准备跳楼自杀，他们连忙化身赛亚超人前去营救。从这个奇怪的老头口中，他们得知距今一千五百年前，南银河科纳兹星球曾有一名超级英雄塔皮欧，后来不知何种原因被困在音乐盒中。
