在日本室町时代中期，执政幕府的权威急剧下降。野心勃勃的Keiko Tetsuke（中井圭一饰演）为了实现自己的霸权，将自己未出生的儿子Baigui Maru献给了48位魔神。他与怪物们达成协议，拿走了48个器官，包括眼睛、耳朵、嘴巴、鼻子等。
然而，Asawa在手术中意外感染了一种神秘的病毒。在西部发生恐怖袭击的同时，远郊的一座大坝发生了爆炸。新宾县刑事警察Tuogusa（由Shinigaki Tsuru配音）传唤了来自饱受战争蹂躏的卡森共和国的大坝管理企业负责人沙特阿拉伯博士。在高级警官的压力下，Togusa没有收到任何有用的信息。另一方面，草剃一方得知了恐怖分子的真实身份，那就是卡尔迪斯的游击队组织。这两起案件之间出乎意料的联系背后的真相是什么？本片改编自十郎政宗的原作，是《攻壳机动队》前传《ARISE》的第三部。
濑能家的两兄弟——10岁的淳平（横山幸汰 配音）和7岁的宽太（谷合纯矢 配音）见证着时代的巨大变革。最初的残酷过去，苏联人的家属来到岛上，不经意间种下了和平友爱的种子。通过音乐，苏日两国儿童成为可以唱歌玩耍的朋友，濑能兄弟则依靠玩具蒸汽火车和住在她家隔壁的女孩塔尼娅变得亲密无间，但好不容易得到的友情却因某起事件而破碎。 在时代、民族、国家和政治的洪流中，孩子们的人生留下了最初却永远不会褪去的伤痕……
