谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
1970年，圣诞节前夕。妓女伊莎贝尔（佩内洛普·克鲁兹饰演）即将分娩。在紧急状态下，皮条客牺牲了自己的生命来停车，结果她在车里生下了一个儿子，名叫维克多。20年后，维克多爱上了与他有染的女孩埃琳娜，但在约会中被放弃了。
