在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
他们在战后隐藏了行踪，不知是生是死，甚至让人无法确定他们是否真实存在过，无人知道真相，只有传言传播。 圣枪十三骑士团——纳粹德国的黑暗中诞生的超人们。 他们终将回归。其时世界将破灭。故，决不可允许他们的再来——这样一个传言。 然后61年的时光流逝。知道他们的存在的人，大部分已经死亡，众人忘记了他们。 然而—— 2006年……日本。就读諏訪原市的学园的藤井蓮，在某事件之后与好友・遊佐司狼决裂，仿佛厮杀般干架的结果是两个月的被迫入院生活。 季节由秋转冬——圣诞临近的12月。 怀着仿佛半身被夺的丧失感，退院的蓮想着要重新构筑没有司狼的崭新日常生活。 往者不可追。那么，至少要珍惜如今手中之物…… 但是，连这个愿望也分崩离析。 每晚梦见的断头台的噩梦。狩猎人头的杀人犯。追杀他的黑衣“骑士”们。超越常识的不条理覆盖城市，逐渐侵蚀。 这份异常完全不是两个月前能相比的，暴力到粉碎至今为止积累而成的全部事物的非日常。 不改变的话，没法活下去。不活下去的话，没法回去。 在以加速度疯狂下去的世界中心，蓮独自跨过日常与非日常的界线。 并没有期望什么了不得的事。也不是想高举正义与大义的旗帜。 只是，想回去而已。回到没趣、无聊然而平凡、温暖的那段时光。 胸怀悲壮的决意，司狼的声音回响。 只要还在这个城市，无论是谁迟早都要疯掉——他如是说。 与圣枪十三骑士团的战斗。充满狂气与杀戮与诅咒的战争的连续。 在那尽头，蓮究竟将会看到什么呢。
