走在外面,敦志和敦美常常会被误认为是兄妹,两人的身高和样貌亦常常闹出不少笑话,实际上,是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜(平野绫 配音),天真单纯的班主任盛山二见(田宫智惠 配音)、敦志暗恋着的同班同学雏(内田彩 配音),这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围,在他们最需要帮助的时候伸出援手。
为了保护数码世界和数码兽,四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界,造成了危险和混乱,启人和好友牧野留姬(折笠富美子 配音)、李健良(山口真弓 配音)一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此,朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽,追随着古乐兽的踪迹,启人一行人闯入了数码世界,展开了大冒险。