一支先遣队奉命出发，寻找适合居住的星球。所有星舰成员都是以生物 3D 打印的方式一一制造，没想到过程中机器意外故障，导致其中一位成员路易变成畸形。随着路易接连攻击同僚妮娜、麦克、帕蒂和奥斯卡，星舰也陷入黑暗骇人的境地，任务结束的倒数计时正式开始。
此后不久，特种部队冲进会场，救援行动顺利完成，导致巴中健在混乱中死亡。由于八重健的真正目的尚不清楚，而且在其被杀的过程中也存在谜团，杉田有京（水谷裕中饰）和神户（菊川光博饰）立即展开调查，发现这一切似乎与七年前的一次可能引发国际争端的恐怖袭击有关。另一方面，出于某种原因，高级警官不断施加压力，阻止专案组的调查。层层迷雾背后隐藏着什么惊人的真相？这部电影是同名电视剧的第二部剧场版。
