故事从一个名叫“濑户一木”的普通高中男孩的角度展开,他崇拜校园女神“植木一树”。暗恋伊子的一木,脑子里总是有各种妄想,但表面上对伊子很冷漠。在一次机会下,两人终于消除了误会,两人之间的距离逐渐拉近
而造成众多离奇事件的神秘组织核心“园咲家”的每个人,都在风都有着很大的影响力。挑战Dopant们引发离奇事件的翔太郎和菲利普两人,使用六根“盖亚存储条”合体变身成假面骑士W,决然地对抗着园咲家族。 园咲家族的目的到底是什么?假面骑士W、菲利普神秘的过去又是什么?隐含着众多谜题,假面骑士W的战斗拉开帷幕……