相良良晴（江口拓也 配音）是一名平凡的高中生，某日，在一场意外之中，他竟然穿越回了群雄争霸的战国时代。在那里，相良良晴震惊的发现，在这里，那些史书中拼杀在前线的枭雄们，竟然都是可爱的女孩子！ 本想效忠于织田家的木下藤吉郎（盐屋翼 配音）壮志未酬身先死，相良良晴则在误打误撞之中代替了他的位置来到了织田家。在这里，相良良晴结识了身为十六岁少女的织田信奈（伊藤加奈惠 配音），成为辅佐她的家臣。在共同经历了各种腥风血雨危难时刻后，相良良晴和织田信奈之间也产生了真挚的感情。无奈，相良良晴并不属于这个时代，他和织田信奈之间的感情会迎来完满的结局吗？
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
一间平凡无奇的咖啡店，老板在打烊后回到二楼的住所，放松之际，突然被电脑萤幕中的自己给叫住，对方声称是来自两分钟后的自己。原来他的咖啡店和住所之间有两分钟的“时差”。
