继第一季之后，《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容，在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆（《怨声载道》饰）和井上升（《财富无限》饰）纷纷加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面，初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外，官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者继续在黑暗世界中游荡。
在日本室町时代中期，执政幕府的权威急剧下降。野心勃勃的Keiko Tetsuke（中井圭一饰演）为了实现自己的霸权，将自己未出生的儿子Baigui Maru献给了48位魔神。他与怪物们达成协议，拿走了48个器官，包括眼睛、耳朵、嘴巴、鼻子等。
