故事发生在砂刑历93年。一艘名为“泥鲸”的漂泊船上,生活着513名居民。他们分为两个种族——拥有超能力的“印族”,以及没有超能力的“无印族”,相比于印族,无印族拥有更长的寿命。原作ライトノベルは中高生を中心に絶大な人気を誇り、テレビアニメも大好評の「灼眼のシャナ」。初映画化となる本作では、原作小説の第1巻を基に、主人公の悠二と少女シャナとの出会いや、異世界から来た化け物・紅世の徒との戦いの始まりを描く。