位于北神道、原宿和青山三条街交界处的一所新成立的私立结之丘女子高中迎来了今年的第一批学生。在一所没有历史、没有高年级学生、没有名气、也没有什么可要求的新学校里,以涩谷和美为中心的五个年轻女孩遇到了她们的“学校偶像”。从那时起,五年过去了。亚马逊几乎被驱逐,世界正在走向和平。然而,感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大,政府成立了一个新的4C组织,秘密驱逐亚马逊化的人类。其中,童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。