故事发生在黑手党猖獗的意大利。表面上看，“社会福利公社”是一个专门为收容孤儿女孩而设计的福利机构，但在幕后，他们以杀手为目标，训练这些身体残疾的女孩。他们给年轻女孩洗脑，进行身体改造和实际训练，而接受改造的女孩成为了真正致命的武器。
但就在女孩出现的同时，世界发生了一场转变——觉醒的禁忌——“长图书馆”。炼金术的终极产物，由人手创造的“白魔鬼”，就被封印在那里。为了成为真正的恶魔国王，“白恶魔国王”试图以前所未有的力量在“白恶魔王”面前消灭申和三一七。世界的崩溃和绝望的危机正在袭击新人们——Shin和TRINITY SEVEN能保护这个世界吗？
在空地上，小夫（肝付兼太 配音）向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票，胖虎（立壁和也 配音）和静香（野村道子 配音）恳求小夫也带他们去。这时，大雄（小原乃梨子 配音）急匆匆跑了过来，哆啦A梦（大山信代 配音）已经三天没回家，小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上，哆啦A梦回来了，原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上，银河列车在后山停站了，大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅，车长（伊仓一恵 配音）总是笑嘻嘻，很有礼貌。另一边，神秘的生命体降落在了后山，是来自宇宙的寄居物，寄居物将自己附在人类的身体上，来操纵人的大脑，他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断，大雄在车厢外看到了一个忍者，小夫说看见了海盗，胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后，列车在一颗行星上停下了，而冒险这才刚刚开始……
