2015年12月30日,宇宙探索船Luxion船长,高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员,并为之奋斗。 6年后,高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。
4月1日,俊勋(由兰井泰介饰演)在一所私立交叉学校学习,拥有与普通人截然不同的能力。他能看到别人看不到的东西,而众生的奇怪形状让他感到困惑。一次偶然的机会,俊勋踏入了一座既存在又不存在的建筑,遇到了被称为“次元魔女”的石原裕子(星饰演)。
与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近