人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。全光高中的文艺系里住着一群性格各异的年轻男女。其中,高二学生安藤寿来(冈本伸彦配音)是典型的中学生疾病。他每天都梦想着拥有拯救世界的超能力,但谁能想到他不切实际的愿望真的实现了。