在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
然而，第一个儿子突然去世，第一个孩子sonryu失踪了，左边的弟弟被留下Ki，Hiroto一直在寻找他的弟弟。当时，知道sonryu下落线索的人出现在参观父母周年纪念日的sun和Hiroto面前。
