新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
这个曾经被称为纽约的城市在短短一个晚上就消失得无影无踪。出现在那里的城市是“Hersharemz Roth”。在浓雾的另一边，这个连接“外星世界”和当今世界的地区已经转变为“地球上最危险的城市”，由不同思想的人主导。
一枝看起来像一棵春天盛开的樱花树，总觉得有些东西发生了变化。远远望着缓缓飘落的樱花，少年想起了即将到来的春天，生活在一个樱花不会枯萎的平凡世界里，有能力改变点心，在天空中看到别人的梦想，这既不平凡也不非凡。在雪花和樱花纷纷飘落的冬季大学里，当他遇到他们时，一个快乐而温暖的故事即将开始，一个小魔术师用他最后的魔法恳求帮助。
