为了讨好父亲，善良的优甚至主动去犯错，不久更加入了偷拍女性底裤的小组。父亲为他的大发雷霆，优却因此感到高兴。 不久，优邂逅了如玛丽亚般美丽的女孩洋子（满岛光 饰），而讨厌庸俗男性的洋子也阴差阳错喜欢上了男扮女装的优。优继而得知，洋子是熏的养女，熏如今又回到哲的身边，四个人组成一个奇怪的家庭。优纠结于对洋子的迷恋中，却不知，一个名为“零教会”的宗教团体已经盯上了角田家……
某天，良一买了一只小乌龟，他在房间内对小乌龟倾吐着自己种种难以实现的梦想。然而在遭到同时的嘲讽后，他一气之下把乌龟扔进了马桶。乌龟顺着下水道来到一个神秘所在，衣衫褴褛的老人（西田敏行 饰）拥有神奇的糖果，可以让被遗弃的玩具和动物开口说话，而小乌龟则不小心吃了能实现梦想的糖果。它念念不忘良一的梦想，而随着梦想实现，小乌龟的身体也越来越大。 良一的命运发生转变，他朝着未竟的摇滚之梦再度进发……
她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中的第一部（另两部分别为“燃烧”和“排气”）。
