外国航路から帰ってきた相良は早速恋人の秋子に電話で求婚した。だが彼女は約束の教会に急ぐ途中、交通事故にあった。夕暮れの教会で相良は秋子をいつまでも待ち続けた--。故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开,这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里,主人公“一山编织者”虽然是男性,但却能够操纵is。因此,他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。