在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。
2025年，从毁灭性的恐怖袭击导致的2020年东京奥运会终止开始，联合国控制了之前东京奥运会在东京湾边界的会址地区，并使之脱离了日本的管制。 17岁的冬月花是住在这片地区的一名高中生，但她的身份绝非普通，暗地里，她是联合国特殊部队的一员。花以一名转学生的身份被派往江之岛上的一所公立高中执行特殊任务。 她的目标是，七濑俊一，一个和她在一个班上的男生。 然而正当花准备与她的目标联系时，一个中年男子突然出现在学校并寻找俊一。与此同时情况直转而下，美国派出了特种部队到了这所学校来追捕那名中年男子。 当血滩扩散开来之时，另一名少女开始设法进入这个岛来打破现在的僵局。
