他们一再战胜来自人类灵魂深处的“噩梦”，完全包围了他们最珍视的城市、家人和朋友。这一天，美丽的女孩小美彦（斋藤千和配音）作为转校生来到了小圆的班级。小圆和她的同学们意外地发现，小美也是其中一个神奇的女孩。之后，五个神奇的女孩一起努力解决了噩梦带来的危机。他们的友谊很深，相处得很好，但小美对周围不断的冲突感到不安。有一天，她让杏子和她去风间野探索真相，但他们两个费了很大的劲，无法离开南原。小美终于意识到，她和她的朋友们似乎被人锁在了女巫的王国里。无尽的轮回和欲望滋生的幻觉使年轻女孩陷入了无尽的混乱深渊
在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。
世界观故事发生在一个既不能确定时间也不能确定地点的未来主义世界。世界是由高度发达的网络（软件）和超级计算机（硬件）组成的，它们是现实的载体。人类本应从技术的繁荣和发展中受益，但由于一场灾难，他们失去了连接互联网的资格和能力（相当于公民身份）。
