Shin志千寻（藤原龙雄饰演）原本继承了剑心刽子手的身份，但被新政府背叛，幸免于难。千寻正在秘密地提出一个可怕的计划来统治日本。大久保去世后，Kenshin深感责任重大，无法推卸责任，于是踏上了自己的旅程。一路上，他不仅遇到了京都的女主角草奈良（拓谷泰丰饰演），还第一次遇到了新宿村和志志雄。与此同时，Sagara Sanosuke（青木贵族饰品）、Kamiya（武井佐久饰品）、Akihiko（赤木凯斗饰品）和Saito I（Educhi Yosuke饰品）也相继赶往京都。在乌云密布的时代，一场席卷全国的风暴正在酝酿。。。这部电影改编自Kazuki Hiroshi的经典漫画。
在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关键时刻她被俊美少年瞬（入野自由 配音）救下，纯洁的友谊在少男少女之间开始萌芽。明日菜体味着友谊的甜蜜，却不知瞬在某天悄然离开人世。新来的男老师森崎龙司（井上和彦 配音）为孩子们讲述了死国的传说，明日菜这才意识到瞬正是来自另一个世界雅戈泰的人。森崎真实身份隶属某个神秘组织，他和明日菜的心中都有想要复活的人，于是经过一波三折，他们随着瞬的弟弟心一同来到了传说中的雅戈泰。 在这个绝美而凄惶的国度，他们展开了似乎永无止境的旅程……
