Yona（斋藤千和配音）是一位来自高华王国的公主。她从小就生活在父亲的精心照顾下，性格简单善良。尤娜一直暗恋着表姐苏方（小林裕介配音），苏方也对尤娜十分照顾。然而，Yuna的父亲Il（Akagi Shin配音）非常反对他们的关系。
故事发生在一家名为格雷斯农场的孤儿院，那里居住着许多迷路和无家可归的孩子。他们一共有36个，每天除了工作和玩耍，孩子们还需要学习和考试。其中最好的是一个叫Emma的女孩（由明星配音）和一个叫Norman的男孩（由植田正鲁配音）。
新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
