时间是公元2242年,失忆睡着的梅加斯迎来了觉醒的时刻-
坂本拓真(在水中由雅章配音)在游戏中被命名为暗黑破坏神。他的操作技术非常出色,而且他的力量非常可怕。他被其他球员称为“魔鬼”。在一次意外中,拓真来到了游戏的世界,在那里他遇到了两个女人,Sera(秦泽友配音)和Rem(何启星配音)。
谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。