在第二季中，主人公七濑遥（岛崎信长 配音）以及好朋友橘真琴（铃木达央 配音）成为岩鸢高中三年级生，他们一方面烦恼着没有新人加入游泳部，另一方面还面临着毕业去向问题。同为游泳部成员的渚（代永翼 配音）和怜（平川大辅 配音），积极准备着全国大赛的训练。 与第一季相比，本季最大的看点，就是新角色山崎宗介（细谷佳正 配音）的登场。他是凛（宫野真守 配音）小学时代的好友，游泳实力强劲，转校归来加入了凛的游泳部。两个游泳部，两支接力队伍，在未来的全国赛上，会碰撞出什么样的青春水花？
在得知自己被公司抛弃后，冈田决定以自己的方式为自己寻找出路。冈山提出加入黑礁商会的请求，并通过实际行动展示了自己的能力，然后以“洛克”的名字开始了新的生活。在这些神秘人物的影响下，精明冷静的领导者Dutch（水本美津美配音）、性格坚强的二人组Willa（丰田美津美饰演）和开朗冷漠的机械师Benny（平田宏饰演），Locke逐渐找到了陪伴感，同时，一条充满危机和冒险的道路也在他面前展开。
为了见到父亲，为了得到父亲的爱，她们坚信只要将姐妹体内的蔷薇圣母聚集到一起，便可以进化成为爱丽丝。罗真制造的七个蔷薇少女的传说，最终演变成一场她们自相残杀的战斗，但是这场战斗有个美丽的名字——Alice Game。就这样作为唯一的梦想，唯一活着的理由，她们不断觉醒又不断沉睡，与不同人缔结契约，在N之梦境中不断寻找姐妹战斗。
