明治维新十二年后,日本迎来了一个新时代。曾经强大的刽子手飞村建新现在成为了一名和平主义者,与朋友在东京过着平静的生活。一天晚上,建新最喜欢的餐厅遭到枪击,只留下一张写着“人类惩罚”的纸条——有人正准备代表天堂行事,审判的日子即将到来。
捕まった少女アイーダに不思議な何かを感じたベルリは、彼女が「G-セルフ」と呼ぶ高性能モビルスーツを何故か起動できてしまう。宇宙世紀終焉後の時代、リギルド・センチュリーを舞台に少年少女の冒険は世界の真相に直進する。2014年にTV放送された「ガンダム Gのレコンギスタ」(全26話)に新作カットを追加し、映像を再編集した劇場版『ガンダム Gのレコンギスタ』(全5部作)の第1部。