神创造了一切生命，但同时也创造了所有邪恶。故事是从中空回廊封印的有机天使亚蕾克西儿之躯体被盗开始的。邪鬼族王女九雷与其堂兄紫罗九音，为了让亚蕾克西儿复活而前往人界寻找亚蕾克西儿灵魂所托之人，于是遇上了这一世亚蕾克西儿的持魂者——无道刹那。 当时刹那正陷入与其胞妹无道纱罗的矛盾苦恋中，无暇顾他。同时，偷跑来人界的智天使肯达为解救被封印的前炽天使长兼天使军总司令狂天使无机天使罗洁爱儿而实行“天使禁猎区”计划，揭开人界天界魔界新纪元的大事件即将发生......
鸣人从小就孤独无助。十多年过去了，年轻的鸣人被木叶村的忍者学校录取，在那里他遇到了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的继承人之一。当他还是个孩子的时候，他的兄弟，一个已经拥有高超忍术的忍者，杀死了他们家的所有人，然后投奔了大蛇丸，大蛇丸一直想摧毁木叶村。佐助从小就发誓要超越他的兄弟，为这个家族报仇。火影忍者和他们的团队在忍者学校接受了教官卡卡西的精心指导，在他的帮助下，他们在成长过程中一次又一次地面临挑战！
