在一个漆黑的夜晚，一名间谍悄悄潜入日本警察局，从记录了各间谍机构重要数据的绝密文件中窃取了绝密数据。日本警方和联邦调查局特工赤井水一（池田秀树配音）立即追捕这名间谍。最后，逃犯的车从悬崖上掉了下来。
第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
