走在外面,敦志和敦美常常会被误认为是兄妹,两人的身高和样貌亦常常闹出不少笑话,实际上,是娇小的敦美一直在保护和照顾的敦志。将敦志误以为是高中生而暗恋着他的沙夜(平野绫 配音),天真单纯的班主任盛山二见(田宫智惠 配音)、敦志暗恋着的同班同学雏(内田彩 配音),这些朋友们围绕在敦志和敦美的周围,在他们最需要帮助的时候伸出援手。
作品以日本著名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案,将乱步的幻想世界观与现代的舞台相结合。动画讲述在某所中学发生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林,与前来搜查事件的天才侦探明智相遇。
“暗杀课堂第二阶段课外讲座”将于3月11日起在dTV独家播出,该讲座与目前正在播出的电视动画版《暗杀课堂第II阶段》相关联。这一次,电视版没有包括动画,如《竹林中的一课》和《统治者的第二堂课》。