幕府时代末期,外忧外患,山川动荡。人民的生活很艰难,他们的生命不断受到威胁。年轻的心太被他善良纯洁的心所打动,成为了飞天剑流的大师。他被他招募来学习剑术,并改名为剑心。
这部电影描述了电视剧版本中发生的故事,两人在接受工作委托后,作为合作伙伴再次会面,开始最初的案件。福尔摩斯研究人员和影迷称之为“福尔摩斯”系列历史上最高的杰作的长篇巨作《巴斯克维尔的猎犬》的故事是原案。
通产省武器课长永山掌握了政客远泽的贪污证据,因而遭到追杀,永山把一卷缩微胶卷的证据藏到一只迷途的猎犬“五郎”的颈圈中,永山被杀手杀害之后,“五郎”也成为杀手猎杀的目标,刑警安高在“五郎”的主人礼子的帮助下,终于将罪犯绳之以法。