善良的校长重浦清华（由Orikasa Fumiko配音）和幼儿园里可爱的孩子们感动了小久。她决定不再流浪，留在这里帮忙。在幼儿园里，小久结识了孤儿藤本清河（前野友树配音）。虽然清河经常对小九说粗话，但他还是表现出了自己的关心。此外，一些内心受到伤害的人逐渐聚集在小九的周围。在帮助他们的同时，小九的心也逐渐变得坚强起来。
故事发生在日本江户时代，当时一名神秘男子出现在武士桂（石田明配音）面前。他手里拿着魔剑“红樱”，要求对其进行测试。当晚之后，桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松伸树配音）从万石屋找到了信高（Naomiya Rihui配音）和信矢加（Sakaguchi Daisuke配音），并委托他们寻找主人的下落。与此同时，银石（杉田智和饰）也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上，由于远离警方的管辖范围，飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里，银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三（由齐安武史配音），他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子，另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生，拯救江户？这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》，没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
