故事发生在1999年,那个不详的世纪之末。坐落在深山之中,由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里,迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅(日笠阳子 配音)。龙猫和精灵用他们的神奇力量为小月和她的妹妹带来了许多神奇的风景,这拓宽了他们的视野。我妹妹小美经常想念生病的母亲,坚持让妹妹带她去看母亲,但小月拒绝了。小美出乎意料地自己去了那里,但在路上迷路了。小月不得不向她的龙猫和精灵朋友寻求帮助。