前一部作品（第一部系列）两年前，该作品描绘了主角莫野莫果和最好的朋友佐藤和樱花的友谊，他们有一个主要联盟的父亲。Ogo和Mutsuko是小学六年级的学生，当时正值初中生的春天。Ogo去了私人森林里的棒球俱乐部，他的姐姐Izumi也经过了那里。
回到镰仓后不久，无辜的阿吉子被眼前经过的河童吓了一跳。起初，镰仓自古以来就是一个拥有强大恶魔光环的城市，怪物和鬼魂无所畏惧地出现；当地人并不感到惊讶，他们与其他人和平共处，尤其是和谐相处。开朗的秋子很快适应了这种新生活，接受了丈夫的怪癖，目睹了鬼魂和人类的纠缠，甚至接受了一个贫穷的上帝进入她的家。但正是这样一个善良的亚吉子被一个怪物伏击了。她失去了身体，以一种精神状态漂流到这个世界上，这相当于死亡，这是极其紧迫的
然而，医生仍然无法接受失去孩子的痛苦，也无法正确治疗阿童木，因为他认为阿童木不是人而抛弃了他。阿童木成了一个无家可归的流浪者，也被各地的军队通缉，最终被抓获。军方要求天马博士去除阿童木的能量，并将其转化为军用机器人的能源。在最后一刻，天马医生突然醒来，协助阿童木逃跑。面对军方的追击和拦截，阿童木奋起反抗，最终，一场惊天动地的战争迫在眉睫。在不断旅行的过程中，阿童木逐渐长大，他也接受了自己将机械与人类结合的设计，肩负起了全人类生存的责任。
