在一个阳光明媚的日子里，草帽海盗队悠闲地在海上航行。突然，天空中出现了一个漂浮的小岛，娜美迅速通知大家避开即将到来的龙卷风。她的能力引起了小岛小偷的注意。这位海盗头目非同寻常。
某一日，一个名为莉柯丝（石见舞菜香 配音）的少女被一位名叫查克罗（花江夏树 配音）的少年发现在了废墟之中，当男孩遇见女孩，命运的齿轮开始了转动。 莉柯丝开始了在泥鲸的生活。德高望重即将成为下一任领导人的斯沃（岛崎信长 配音）、对岛屿外的世界充满了好奇的奥尼（梅原裕一郎 配音）、天真可爱不谙世事的萨米（金元寿子 配音），在岛上，每一段相遇都会交织出一段新的乐章。
《银魂》的最后一章即将上演。坂田银实（杉田纪和配音）在电影院抓到了一个偷电影的小偷，但在耀眼的白光之后，他被带到了一个有点陌生的世界。在离江户不远的地方，繁华的过去已经不复存在，高层建筑已经成为无人居住的废墟。
