《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
在这里，小茜遇见了星之一族的公主藤姬，藤姬告诉小茜，她的真实身份是拥有龙神之力的神子，也是唯一能够守护和拯救京都的存在。 要激发小茜体内的龙神之力，必须集齐为她而生的“八叶”，天真和诗纹正是其中之二。除此之外还有沉默稳重的源赖久（三木真一郎 配音）、活泼可爱的祈（高桥直纯 配音）、理性聪慧的藤原鹰通（中原茂 配音）、轻浮但富有魅力的橘友雅（井上和彦 配音）、内向温和的永泉（保志总一朗 配音）和阴阳师安倍泰明（石田彰 配音）。
