所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。
《时代飞船》系列作品改编自去年播出的《时代飞船24》的世界观,以三个反派为主角。三大反派是指本作中的三个反派,他们通常伪装成世界上最大的教科书出版商“天国社会史”第14期仓库课程的成员。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太,某天醒来后失去了记忆。 之后,裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”,而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。