但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… “所以说过去的事情我不知道啦！” 面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……
灾难性袭击对世界造成“第二次冲击”后，世界在废墟上重建。14岁的Ikashi Shinji被他的父亲Ikashi Moto召集到第三新东京城。我以为我能看到他受到父亲的欢迎，但我看到一个名叫“使徒”的巨大生物与军队交火。
但此时此刻引起佐藤注意的是三年前松田诚平在爆炸中死亡时出现的死亡幻觉，这次出现在高木上。与此同时，连续爆炸的犯人越狱了！这是巧合吗？这名囚犯也是公安警察Yasuhiro命运的敌人，因为他杀死了他的同学Matsuda。就在他准备追上罪犯时，一个神秘的变装人物突然出现，并在安史身上安装了项圈炸弹。为了解除项圈炸弹的武装，柯南赶到安西潜伏的地下避难所。柯南从Ashikaga那里得知了另一起事件——三年前，Ashikaga和一名警察学院的同学（现已死亡）在涩谷遇到了一名名叫“Pramia”的不明伪装炸弹袭击者。然而，此时，在搜索过程中，危险已经开始笼罩柯南和其他人
