第四个真正的祖先的新战斗已经失去了记忆！！月光下，在小谷城的海滩上醒来，面前有一个穿着修道院服装的白发女孩。终于，我找到了你，小谷城。我叫Yuri Kasti Eira，来自Kazugawa山谷，负责监视你。漂浮在东京以南330公里处，是日本“唯一”的恶魔特区“恩莱岛”。这座古城已经失去了超越其名字的记忆，甚至无法唤起第四只真祖兽的记忆，在茫茫大海中的一个孤岛上，它与新伙伴一起挑战的残酷任务是什么！？
临行前一向疼爱他的女佣阿清（宫本信子 饰）百般叮咛，千万不可冲动行事。少爷懵懵懂懂地来到该学校，校长（岸部一德 饰）一团和气，毕业于帝大的教导主任（及川光博 饰）则是学校内的实权人物，他口蜜腹剑，掌管着所有人的命运。少爷和前辈数学老师（古田新太 饰）不打不相识，耿直的二人共同进退，因此受到教导主任的嫉恨。而英语老师（山本耕史 饰）因与刨冰姑娘（松下奈绪 饰）相恋，也受到追求女孩的教导主任的排挤。身处漩涡中的少爷，绝不会就此低头认输…… 本片根据夏目漱石的原作改编。
2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”，前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而，人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期，使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时，他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想回到地球，摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失，飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流，他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而，经过2万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统，完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗？庆雄的命运会怎样？
