没有人曾想过，70年前的神秘罗斯威尔事件至今仍对全人类产生如此巨大的影响。很少有人能看到整个真相，即使它就在那里。一天，生活颓废的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜乔夫尼饰）和他最信任的搭档、在某教堂医院当医生的达娜·肖利（吉莉安·安德森饰）重聚。一个旨在揭露政治黑幕的节目的原主持人找到了他们，希望他们能揭露政客利用外星人控制人类的真相。借此机会重新打开关闭已久的X文件。曾对各种奇怪事件失去信心的穆德，在斯科利的陪伴下再次踏上征程。一路上，隐藏的真相和人类可怕的未来将陆续呈现在他们面前